imagej是一款基于java语言开发的科学图像处理软件，具备显示、编辑、分析和处理8位、16位、32位图像的能力，兼容多种图像格式。同时，它允许用户自定义插件和宏，极大地拓展了软件的功能。该软件可在microsoft windows、mac os、mac os x、linux以及sharp zaurus pda等多个平台上运行。
imagej支持图像栈功能，能够在一个窗口中以多线程方式处理多个图像，并且可依据内存限制处理任意数量的图像。除了诸如缩放、旋转、扭曲和平滑处理等基本图像操作外，它还支持图像区域和像素统计、间距角度计算、柱状图和剖面图创建以及傅里叶变换等高级功能。
功能特点
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跨平台兼容性：imagej采用java编写，可在32位和64位模式下于linux、mac os x和windows系统上运行。
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开源免费：imagej及其java源代码处于公共领域，无需许可证，可免费使用。
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庞大用户社区：imagej拥有一个规模庞大且知识丰富的全球用户社区，超过1700名用户和开发人员订阅了imagej邮件列表。
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宏功能：可使用宏自动执行任务并创建自定义工具。通过命令记录器生成宏代码，并利用宏调试器进行调试。imagej网站上有300多个宏可供使用。
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插件扩展：可借助image j的内置文本编辑器和java编译器开发插件，以扩展其功能。目前有500多个插件可供使用。
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工具包应用：可将imagej作为图像处理工具包（类库），用于开发小程序、servlet或应用程序。
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处理速度快：image j是世界上最快的纯java图像处理程序，能够在0.1秒内过滤2048x2048的图像（*），处理速度达到每秒4000万像素！
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多样数据类型支持：支持8位灰度或索引颜色、16位无符号整数、32位浮点和rgb颜色等数据类型。
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丰富文件格式处理：能够打开并将所有支持的数据类型保存为tiff（未压缩）或原始数据，还可打开并保存gif、jpeg、bmp、png、pgm、fits和ascii等格式，支持打开dicom格式。可使用url打开tiff、gif、jpegs、dicom和原始数据，也可通过插件打开并保存许多其他格式。
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图像显示工具：提供了用于缩放（1:32到32:1）和滚动图像的工具，且所有的分析和处理功能在任何放大系数下均可正常工作。
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灵活选择功能：可创建矩形、椭圆形或不规则区域选择，也能创建线条和点选择。可编辑选择区域，并使用魔杖工具自动创建选择。能够对选择区域进行绘制、填充、清除、过滤或测量操作，还可保存所选内容并将其传输到其他图像。
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图像增强处理：支持对8位灰度和rgb彩色图像进行平滑、锐化、边缘检测、中值滤波和阈值处理。可交互性地调整8、16和32位图像的亮度和对比度。
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几何运算操作：支持裁剪、缩放、调整大小和旋转等操作，还可进行垂直或水平翻转。
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数据分析功能：可测量选择区域或整个图像的面积、平均值、标准偏差、最小值和最大值，还能测量长度和角度。可使用真实世界的测量单位，如毫米，并使用密度标准进行校准。能够生成柱状图和剖面图。
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图像编辑功能：可对图像或选定内容进行剪切、复制或粘贴操作，支持使用and、or、xor或“混合”模式粘贴。还可向图像添加文本、箭头、矩形、椭圆或多边形。
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颜色处理能力：可将32位彩色图像分割为rgb或hsv组件，也能将8位组件合并为彩色图像。可将rgb图像转换为8位索引颜色，还能将伪调色板应用于灰度图像。
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图像堆栈处理：可在单个窗口中显示相关图像的“堆栈”，使用单个命令处理整个堆栈。能以堆栈形式打开图像文件夹，并将堆栈保存为多图像tiff文件。
